Hayvanlar üzerinde yapılan araştırmalar hamilelik döneminde sarı kantaron kullanımının doğum kusurlarına yol açabileceği yönünde sonuçlara sahiptir. Bu nedenle gebelik ve emzirme döneminde kullanılmamalıdır. Sarı kantaron kullanan anne sütüyle beslenen bebeklerde kolik, uyku hali ve halsizlik görülebilir. Hamile kalmaya çalışıyorsanız sarı kantaron kullanmayın.

Hiperaktivite bozuklu ya da dikkat eksikliği yaşayanlar belirtilerin daha da kötüleşmemesi için sarı kantaron kullanmamalıdır. Depresyon ve mâni döngüsünde bulanan bipolar bozukluk hastaları sarı kantaron kullanmamalıdır. Sarı kantaron bu döngü süresini kısaltabilir. Sarı kantaron şizofren hastalarında psikoza neden olabilir.

Bitki Alzheimer hastalarında demansa katkıda bulunabileceği için kullanılmamalıdır. Anestezi kullanılacak cerrahi bir müdahale geçirecekseniz 2 hafta öncesinden sarı kantaron kullanmayı bırakmalısınız.

Sarı kantaronun yan etkileri genellikle hafiftir ve mide rahatsızlığı, ürtiker veya diğer deri döküntüleri, yorgunluk, huzursuzluk, baş ağrısı, ağız kuruluğu, baş dönmesi ya da akıl karışıklığı olarak görülebilir.

Sarı kantaron antidepresan, kan inceltici, oral kontraseptif, tansiyon ilaçları ve astım ilaçları ile kullanılmamalıdır.